Dans un monde où la technologie agricole évolue rapidement, les aliments génétiquement modifiés font l'objet de nombreux débats. Les tomates ont été le premier aliment génétiquement modifié ou GM produit commercialement. Ils ont suscité des opinions divergentes sur la nouvelle technologie et lancé la controverse politique, économique et sanitaire croissante et continue sur les aliments GM développés par la suite.
Tomates Flavr Savr ont été présentés aux consommateurs par Calgene en 1994 après avoir reçu l'approbation de la Food and Drug Administration des États-Unis avec la distinction de généralement reconnu comme sûr, ou GRAS. Pour obtenir le statut GRAS, une substance doit avoir publié des études scientifiques évaluées par des pairs pour étayer son statut de sécurité. Sur le site Web de l'Alliance for Bio-Integrity, des documents internes publiés entre un responsable de la conformité de la FDA et le coordinateur de la biotechnologie de la FDA en 1992 illustrent comment certains scientifiques de la FDA ont remis en question la nouvelle politique de grande envergure qui permet aux aliments GM d'être approuvés par les entreprises qui les ont développés. Les facteurs de risque n'ont pas été traités dans leur intégralité. Les évaluations de sécurité et l'étiquetage n'étaient pas requis pour les tomates GM, et les entreprises sont autorisées à publier de nouveaux aliments GM sans annonce publique ni identification du produit comme étant GM.
Les tomates Flavr Savr ont été créées en introduisant du matériel génétique qui inverserait le ramollissement naturel de le fruit. Les tomates produisent une enzyme appelée polygalacturonase, ou PG, à mesure qu'elles mûrissent. Il brise les parois cellulaires à mesure que le fruit mûrit, provoquant le ramollissement et la décomposition de la tomate. Le matériel génétique a été manipulé pour empêcher la production de PG. Les gènes ont ensuite été clonés et insérés dans des cellules pour créer des plants de tomates Flavr Savr. Après un pic initial de popularité dans la pâte de tomates et les produits à base de tomates GM, les tomates Flavr Savr ont perdu leur viabilité économique pour la production commerciale, et les consommateurs ont commencé à les éviter. Ils n'ont pas été produits commercialement depuis 1997.
Une autre entreprise, DNA Plant Technology, a développé une autre tomate GM qui n'a pas connu de succès économique. L'entreprise a combiné les gènes d'une plie arctique avec de l'ADN de tomate pour tenter de créer des plants de tomates résistants au froid. Le projet a été abandonné et les tomates dites poisson n'ont jamais été commercialisées. Les processus GM transgéniques controversés utilisent des gènes d'une espèce à insérer dans une autre espèce, tels que des gènes de poisson dans des tomates, créant un ADN muté et endommagé et des séquences d'ADN interrompues et non naturelles.
Une grande partie de la controverse sur la sécurité des aliments génétiquement modifiés est due au processus lui-même. Le matériel génétique manipulé est soit « injecté » dans les cellules à l'aide d'un « pistolet à gènes », soit introduit dans les cellules par des bactéries invasives qui transportent le nouveau matériel génétique et le déposent dans les cellules. Les deux méthodes sont imprévisibles ; ils endommagent les cellules et des mutations incontrôlables se produisent.